Entre los intervalos en los que Hernán Botero se ausentó de la presidencia estuvieron a cargo Fernán Jaramillo Isaza, Hernán Villegas Ramírez como encargado, Mario de Bedout y Carlos Restrepo Arbeláez. En la administración de Botero, el club consiguió la Recopa y el Torneo Apertura de 2017, luego del fracaso del Torneo Finalización de 2017 y la Superliga de 2018, Andrés Botero Phillipsbourne decidió renunciar a la dirigencia de Nacional, cargo que ocupó durante once meses. En 2003, Juan José Peláez retornó a la dirección en la que estuvo por dos años y medio y dejó dos subtítulos de Colombia, luego de irse en diciembre de 2004, su asistente técnico, Santiago Escobar -hermano de Andrés Escobar- continuó con el proceso y obtuvo el campeonato en el Apertura 2005. Más tarde, en 2007, el colombo-argentino Oscar Héctor Quintabani obtuvo el bicampeonato, Quintabani estuvo en Nacional entre 2006 y 2008. En 2011, Santiago Escobar retornó para dirigir al equipo luego de cuatro años de malos resultados y logró ganar el Apertura 2011 con su asistente técnico Juan Jairo Galeano también exjugador de Nacional.
Por otro lado, están los equipos pre-juveniles y juveniles que participan a nivel departamental y regional de varios torneos organizados por la Liga Antioqueña de Fútbol, y en torneos de carácter nacional como lo son el Campeonato Juvenil y Prejuvenil. Desde su llegada tuvo a la hinchada en contra porque sus inusuales cambios en la formación del equipo principal, sin embargo de esta forma Osorio se logró coronar campeón a Nacional de la primera edición de la Superliga de Colombia en el 2012 enfrentando al Junior de Barranquilla, en ese mismo año (2012) se coronó por primera vez campeón de la Copa Colombia al vencer al Deportivo Pasto, título que repetiría en el año 2013 venciendo a Millonarios de Bogotá. Durante el segundo semestre de 2017 asumió la dirección del equipo el español Juan Manuel Lillo quien tuvo poca simpatía con la hinchada y renunció luego de que Nacional quedase eliminado en el Torneo Finalización a manos del Deportes Tolima.
En el segundo semestre del año 2019 regresó el profesor Juan Carlos Osorio. Mi Nacional es el nombre de cada uno de los sectores de comunicación del club, como un programa de radio emitido por los 710 AM de Radio Red de Medellín, un periódico vendido por Atlético Nacional en las Tiendas Verdes y a las afueras del Estadio Atanasio Girardot, un programa de televisión emitido por Telemedellín que inició en el año 2016 y una aplicación móvil para IOS y Android, descargable por medio del App Store y Google Play. El título lo consiguió en diciembre y murió en enero del siguiente año a causa de un infarto, camiseta ac milan 2023 cuando se disponía a sellar un boleto de apuestas hípicas. El balance no pudo ser mejor al finalizar el año: El Rey de Copas Colombiano se alzaba con otro título más y «Los Del Sur» veían nacer nuevas filiales en Cali, Manizales, Villavicencio y Bucaramanga. La barra fue fundada el 20 de noviembre de 1997 en Medellín, y más tarde fueron apareciendo las demás filiales de «Los Del Sur» en las principales ciudades del país.
Periodico El Colombiano, Medellín, Colombia. Herrera recibió al club en los cuartos de final de la Copa Colombia y logró llevarlo hasta la final frente al Once Caldas, además supo conseguir el cuarto título para Nacional en esta competición, siendo el primer entrenador encargado en lograr un título con el club. Desde su fundación el club ha tenido veintitrés presidentes, cuatro presidentes encargados y una comisión conformada por el director técnico y los jugadores. Vicente Calderón. Lionel Messi fue amonestado en el minuto 8 por una mano en el área contraria y así se perdió el partido siguiente por acumulación de tarjetas por primera vez en su carrera deportiva. El partido terminó con un empate a cero después de que el penal de Lionel Messi fuese salvado por Varas en tiempo de descuento. Manténgalo cerrado aquí para las nuevas botas y bufandas del AC Milan con la cresta y los colores icónicos de su club para asegurarse de que está listo para el próximo gran partido. Durante gran parte de la década de los cincuenta el club funcionó con el liderazgo que ejercían algunos jugadores como Humberto Álvarez y Ricardo Ruíz, pues Nacional ante la crisis económica no tenía como pagar salarios y fue gracias a la idea de crear «natilleras» que el equipo se sostuvo en el profesionalismo.
